股东被除名后，涉及的法律问题包括：其一，与公司的利益交割，尤其是在股东有实际出资时，公司是否应向股东返还出资，如何计算返还的资金数额？其二，公司进行减资或者股权转让后，如何办理工商变更登记，尤其是被除名股东不配合时如何办理？
（一）我国法定除名事由下不存在与被除名股东的利益返还问题
按照我国《公司法解释三》第17条规定，股东被除名后，可以由其他股东或者第三人缴纳相应出资，也可以由公司进行减资处理。由于我国规定的除名事由仅是股东未出资或者抽逃全部出资这两种严重的瑕疵出资情形，所以不存在公司或者其他股东或第三人向被除名股东支付对价的问题。
（二）除名事由扩大后对结算方式的选择
而如果股东因部分出资或者其他非出资事由被除名的，就涉及与被除名股东的利益交割问题（当然讨论的前提是除名事由范围扩大的情形）。德国《有限责任公司法》第21条第2款规定：“期间届满并且无结果的，为公司的利益，应声明迟延的股东丧失其出资额及所缴纳的部分出资。”股东的出资将被没收，意在对股东予以惩罚。但是，在我国，平等的民事主体之间采取惩罚措施除非有法律明文规定，否则难以得到支持。公司可以要求被除名股东承担因除名事由而给公司造成的损失，两项抵消结算，但是不能直接通过没收出资的方式抵消其对公司的损害赔偿责任。
在我国，平等的民事主体之间采取惩罚措施除非有法律明文规定，否则难以得到支持。公司可以要求被除名股东承担因除名事由而给公司造成的损失，两项抵消结算，但是不能直接通过没收出资的方式抵消其对公司的损害赔偿责任。
有法官指出股东被除名应按照当时股权的市场价值来确定与被除名股东的结算价格，其基准日为除名决议生效之日。如股东因达到退休年龄、换工作等与公司解除劳动关系而丧失股东资格的，或者因损害公司利益（如违反竞业禁止规则、违规交易）被公司取消股东资格的，如果章程有规定，应按照章程来确定支付对价。比如，有的公司章程规定股东与公司解除劳动关系的，公司可以按照上一年度财务报表所反映的净资产比例与股东结算。若章程没有规定，应以市场价值确定股权价格，如在唐伟与大连麦花食品集团有限公司请求公司收购股份纠纷、公司盈余分配纠纷【辽宁省大连市中级人民法院（2014）大民三终字第487号】案中，二审法院就认为在股东与公司不能协商一致确定股权收购价格时，应由专业的评估机构评估确定。当然，对于股东损害公司利益被除名的，公司有权向股东主张赔偿损失。
由于股东与公司之间可能订有合同，多见于增资扩股时的增资协议，股东因未完全出资而被除名的，也可能同时构成根本违约，形成请求权竞合，对此，有必要区分不同的请求权基础以及纠纷的性质来确定公司与被除名股东之间的结算方式。
1.合同纠纷下的结算方式
公司增资扩股时，和投资人签订的合同中约定了投资人的投资义务和取得的股权比例，在投资人未完全出资构成根本违约时，公司可以与投资人解除合同。根据《合同法》第97条关于合同解除的法律效果的规定，股东向公司返还股权，公司向股东返还出资。在张伟标等诉河源市芳源贸易有限公司等合同纠纷案【（2014）河中法民二终字第127号】中当事人就是如此主张，后被一二审法院认可，该案中公司、公司的原股东、投资人三方签订《增资协议》，约定投资方向该公司投入货币资金2000万元，其中800万元应于签署《增资协议》5个工作日内作为注册资本金投入，剩余1200万元作为资本公积金投入，股东取得公司50%的股权。后来投资人实际出资900万元，公司及其原股东作为原告主张投资人根本违约，要求解除合同，恢复原状，一二审法院均支持了原告的诉请。法院认为根据增资协议，投资方只有向公司支付2000万元投资才能成为公司的股东，占公司总注册资本的50%，投资方现尚有1100万元未支付，属未履行合同主要义务，在原告方催促下仍未履行，构成根本违约（该案认定投资人违约的另一个理由是投资人怠于对公司行使经营管理权），法院根据《合同法》第94条、第97条判决恢复股权原状，公司向投资人返还900万元出资。
2.公司纠纷下的结算方式
上述案例虽然是以合同纠纷处理的，但是也不排除该公司章程中规定或者投资协议中约定了股东或者投资人未完全出资，公司可以将股东或者投资方除名（当然，前提是此章程规定或者协议约定的效力被法院认可），若公司起诉要求确认除名决议的效力并要求据此将投资人除名，此纠纷的性质就成为公司纠纷，股东被除名，其股权应被公司回购。存在的问题是在公司业绩良好，估值攀升，如上例中公司要收回的50%股权的价值早已大大高于当初约定的2000万元时，回购的价格如何确定？
从公司利益的角度，最后股东被公司除名，说明公司与投资人之间没有相互妥协，不然双方也可以变更协议，按照实际出资调整投资人的持股比例。公司直接否定股东资格表明股东资格是或有或者全无，部分出资并没有得到公司的认可，即便公司增值，增值的利益也只能由股东享有，投资人不应获取溢价利益，公司有权以出资原额返还投资人（至多加算利息）。
但是，从客观公平的角度，投资人毕竟已经投入了部分出资，这部分出资成为公司财产的一部分，对公司的增值也具有贡献，所以，应该按照实际出资计算的股权比例，并考虑股权的市场估值与被除名股东进行结算。当然，在公司业绩下滑，估值降低时，此结算方式对公司有利。但以市场估值进行结算的前提是投资人的股东资格得到认可，其作为股东与其他股东一样共负盈亏，获取增值的利益，承担投资的风险。尽管这与公司否定该投资人的股东资格有矛盾之处，但不失为一种较为公平地与被除名股东进行结算的方式。
这里需要特别提出的一个问题是，怎么计算投资人实际出资的持股比例？不同的计算方式会得出不同的结果，以上述合同纠纷案为例，可能的计算方式有：
计算方式1，2000万元持股50%，那900万应该持股为900/2000*50%=22.5%；计算方式2，投资人的2000万投资中800万为注册资本金，1200万为资本公积金，二者的比例是2：3，那投资人实际投资900万，注册资本金应为360万，资本公积金为540万，公司原注册资本金为800万，投资人的持股比例应为360/(360+800)=31.03%；计算方式3，900/(900+800)=52.9%，这种计算方式也不是毫无道理，因为900万成为公司财产以后，都用来为公司的利益和增值服务，所以应该这样计算投资人的投资对公司增值的贡献比例，但这是公司原股东最不愿看到的。
上述三种计算方式中，仅有第一种遵守了原来的增资协议的原则。计算方式2忽视了注册资本金与资本公积金2：3的比例是以投资2000万为前提的，若投资仅为900万，公司及原股东不会答应继续按照2：3的比例计算注册资本金的数额，可能会成为1：3或者1：5，或者1：10都有可能，投入越多，优惠越多，这与小贩叫卖时的一件3元，两件5元是一个道理。计算方式3完全违反了原来的增资协议的原则，忽视了公司在增资扩股时的溢价融资现象。
3.两种结算方式的比较
比较而言，上述第一种合同纠纷下的结算方式忽视了投资人应该承担的公司经营风险，在公司亏损严重时，公司更希望按第二种方式结算；第二种公司纠纷下的结算方式实际上将根本违约的投资人视为股东对待，在公司增值时，公司会希望以第一种方式结算。但其实两种请求权基础所造成的利益状况差异不会太大，因为如果公司估值暴涨，投资人因出资导致根本违约或者被除名的可能性就降低，往往会积极出资，增加持股比例；如果公司估值暴跌，即便投资人出资不到位，公司也不会主动主张解除合同或将股东除名，因为这都要向股东支付对价，公司更可能会选择变更协议，调整股权比例，让投资人承担公司风险。无论如何，两种结算方式导致的利益状况的差异应该是存在的，当事人可以选择对自己有利的途径解决纠纷。
（一）工商变更登记面临的现实困境
在实践中存在的问题是，被除名股东往往拒不参加股东会，或者即便参加，也拒不在除名决议上签字或盖章。而与股东除名制度相关的行政配套制度并未建立，更不存在针对“股东除名”的工商变更业务流程，所以公司还是需要按照一般流程办理减资或者股权变更手续。
按照《公司登记管理条例》第27条规定，公司申请变更登记需要提交“（二）依照《公司法》作出的变更决议或者决定”，对除名决议而言，会存在两个问题：其一，被除名股东不在除名决议上签字或盖章，而股权变更涉及到该股东的权益变动；其二，在被除名股东为股权比例超过50%的控股股东时，在除名决议上签字或盖章的股东所持表决权所占全部股东表决权并未达到二分之一以上，这两种情形存在时，股东除名决议是否会被工商登记部门认可？从笔者查到的案例以及经咨询工商部门了解到的情况来看，仅第一个问题存在时，工商登记手续就会受阻。
（二）实现工商变更登记的方式
就目前来看，要想顺利完成工商变更，只能通过司法途径解决。若被除名股东对除名决议有异议而向法院起诉要求撤销除名决议，公司应诉，之后公司可以将案件的生效判决提交给工商部门，并依此办理减资或者股权变更登记手续。若被除名股东不提起诉讼，公司也可以主动向法院起诉，要求确认除名决议的效力、确认被除名股东丧失股东资格，以及要求被除名股东配合办理工商变更登记手续（包括股东身份、持股比例及减资手续），如在“湖北武汉国宾大酒店股份有限公司与严汉青、严跃建与公司有关的纠纷一审民事判决书【（2015）鄂武汉中民商初字第00342号】”一案中，法院就确认公司除名决议有效，并判决被除名股东于判决生效之日起三十日内到行政管理部门办理相应的工商变更手续。
上述司法途径对于当事人而言，未免成本过高。为了防止因被除名股东不配合而导致除名决议的公示一直处于久拖不决的状态，当事人可以根据《企业登记程序规定》第十一条关于实质审查的规定“企业登记机关认为需要对申请材料的实质内容进行核实的，应当派两名以上工作人员，对申请材料予以核实。经核实后，提交‘申请材料核实情况报告书’，根据核实情况作出是否准予登记的决定”，向登记机关申请进行实质审查，对纠纷进行初步判断，登记机关认为必要并审查没有问题的，可以进一步办理工商变更登记。此方式虽然从立法规定上来讲是可行的，但是实务中是否会被登记机关认可需要拭目以待，但至少公司可以做此尝试。
小结：
在股东被除名以后，司法解释只规定了公司减资或者由其他人填补出资，这是源于我国规定的法定除名事由的特点而设的。在除名事由扩大以后，这样的规定就捉襟见肘，不能为当事人定纷止争提供明确的立法根据，比如与股东之间的利益交割问题，若章程有规定的，应以规定为准。没有规定时，可能的选择是以除名决议做出时的市场估值进行结算，这需要计算投资人的实际持股比例，应遵循原来的投资协议确定。另外，也可以通过解除合同方式取消股东资格，需要注意的是两种请求权基础可能会造成利益分配的差异，当事人可以选择适用。在工商变更登记方面，配套的业务流程还是空白，需要公司通过司法途径，以提交生效裁判文书的方式办理工商变更登记，同时，依据目前的立法规定，通过向登记部门申请实质审查以落实登记的途径也可一试。
